Gli indicatori biologici sono utili ad un'attività di prevenzione e controllo ambientale;  forniscono informazioni originali, applicabili in modo scientificamente corretto e omogeneo su un territorio vasto e traducibili in una scala di valori di comprensione universale. I macroinvertebrati sono considerati ottimi indicatori biologici poichè sono ubiquitari, abbondanti e relativamente facili da campionare. Il loro tempo di vita è abbastanza lungo, se relazionato ai tempi di campionamento, e sono quindi in grado di registrare variazioni di qualità dell'ambiente in cui vivono; inoltre essendo sedentari rappresentano con precisione lo stato di salute dell'habitat.

L'applicazione dell' I.B.E. (extended biotic index), con scadenze stagionali, per la valutazione della qualità biologica dei fiumi italiani si fonda sulla diversa sensibilità agli inquinanti di alcuni gruppi faunistici e sulla ricchezza in taxa della comunità complessiva.

Il termine macroinvertebrati, non riveste alcun significato sistematico; distingue gli animali "macroscopici" la cui taglia, alla fine dello sviluppo larvale o dello stadio immaginale, è raramente inferiore al millimetro. I macroinvertebrati sono facilmente visibili ed osservabili ad occhio nudo; vivono sulla superficie dei substrati sommersi o nei primissimi centimetri o all'interno dei sedimenti. Ad essi appartengono insetti, crostacei, molluschi , irudinei, tricladi, oligocheti e altri gruppi di cui si tratterà ampiamente nella successiva sezione. questi, si differenziano per i diversi ruoli trofici: i frammentatori, i nutrono di sostanza organica grossolana, i collettori si nutrono di sostanza organica particolarmente fine, gli pascolatori-raschiatori si nutrono di alghe e sostanza organica decomposta assorbita dal substrto ed infine i carnivori sono organismi predatori. La struttura delle comunità di macroinvertebrati è influenzata da fattori fisici e chimici quali la profondità, la durezza e la temperatura dell'acqua, la turbolenza, la velocità della corrente, la portata la torbidità, il colore e i solidi sospesi, l'ossigeno disciolto, i nutrienti, le sostanze tossiche e  il tipo di substrato. I diversi organismi hanno sensibilità differente all'inquinamento e rispondono adeguatamente a diversi tipi di impatti.

I sedimenti si dividono in due grandi categorie caratterizzate dalla presenza di componenti inorganici (roccia,massi,ciottoli,ghiaia,sabia,limo,argilla) o organici (detriti,filamenti fibrosi,filamenti polposi,materia organica decomposta).

Se allora siamo in grado di interpretare questi segnali e di tradurli in una scala di qualità possiamo disporre di un ottimo strumento diagnostico. Da qualche tempo anche in Italia numerosi operatori ambientali di estrazione biologico-naturalistica operano utilizzando questi indici biotici. La tecnica richiede una certa competenza ma il principio su cui essa si basa è semplice. L’operatore campiona il corso d’acqua nel tratto che gli interessa e verifica quali specie di macroinvertebrati riescono a vivere. Per definire il giudizio di qualità ci si serve di una tabella a due ingressi di cui quello orizzontale definirà il gruppo più sensibile reperito e in verticale il numero totale di specie rinvenute; la congiungente identificherà un valore numerico che rappresenta il giudizio di qualità.

Questi valori di indice biotico possono essere raggruppati in 5 classi di Qualità, ciascuna rappresentabile con un colore. La qualità di un fiume o di vari reticoli idrografici può essere in tal modo visualizzata su di una mappa. Queste mappe colorate forniscono un quadro d’insieme dello stato di qualità di un fiume utile per la progettazione di delle soluzioni di risanamento e per controllarne l’efficacia. Un corso d’acqua si definisce di buona qualità quando è in grado di mantenere una flora ed una fauna adeguate a quella tipologia ambientale. 

L’IBE è quindi, a fronte delle considerazioni di cui sopra, adatto a rilevare lo stato di qualità di un ben definito corso d’acqua operando una indispensabile integrazione nel tempo delle turbative in esso verificatesi (fisiche, chimiche, biologiche) e possedendo quindi una buona capacità di sintesi.

L’applicazione di questo indice tuttavia non consente di quantificare e risalire secondo una logica di causa-effetto ai singoli fattori che hanno indotto le modificazioni e pertanto dimostra una limitata capacità analitica. Esso è in grado altresì di segnalare una condizione di "qualità ecologica" sia pur relativamente al solo alveo bagnato e solo indirettamente una "qualità chimica e fisica" delle acque e dei sedimenti. Nei programmi di monitoraggio di qualità delle acque correnti, l’applicazione del metodo IBE deve essere considerata un metodo complementare al controllo chimico e fisico ai fini della definizione della qualità delle acque per quanto attiene il loro utilizzo per le attività umane. D’altro canto l’indice acquista una sua precisa centralità nella definizione della qualità delle acque relativamente alla protezione della vita acquatica.